Das Bayerische Bündnis für Toleranz wurde am 3. Juni 2005 ins Leben gerufen, auf Initiative der beiden großen Kirchen, der Jüdischen Gemeinden, des Bayerischen Innenministeriums und des DGB Bayern. Die Gründung war eine Reaktion auf den letztlich vereitelten Versuch eines Bombenanschlags auf die Grundsteinlegung der Ohel-Jakob-Synagoge am Jakobsplatz am 09. November 2003 in München.

Ziel war es, ein starkes Signal für Demokratie, Menschenwürde und gegen Rechtsextremismus zu setzen. Im Jahr 2024 wurde die Fachstelle für Demokratie und Partizipation gegründet, um die wachsende Zahl von Mitgliedern und Projekten des Bündnisses zu unterstützen. Diese Fachstelle bietet Beratung und Begleitung für zivilgesellschaftliche Akteure in Fragen der politischen Arbeit und Projektgestaltung. Heute zählt das Bündnis rund 100 Mitglieder aus staatlichen, zivilgesellschaftlichen und religiösen Bereichen und ist damit der größte Zusammenschluss dieser Art in Bayern.
Das Bündnis versteht sich in erster Linie als Vernetzungsplattform. Ein besonderes Augenmerk liegt darauf, Akteure aus Zivilgesellschaft, Religionsgemeinschaften, sowie Staat und Kommunen in ihrem Engagement für die genannten Ziele des Bündnisses zu stärken und Synergien zu erzeugen.

Aktueller Sprecher des Bündnisses ist Landesbischof Christian Kopp.

Seit dem letzten Jahr ist auch der/die Integrationsbeauftragte der Bayerischen Staatsregierung Mitglied in diesem Bündnis. 

Bei den regelmäßig stattfindenden Plenarversammlungen wird über die aktuelle politische Lage referiert und diskutiert, neue Mitglieder werden gewählt und stellen sich vor.